负责地表水生态环境监管工作。组织落实重点流域水功能区划,负责涉水重污染行业整治提升工作。监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，监督指导入河(入海)排污口设置。负责海洋生态环境保护工作。承担海洋生态环境调查评价、海洋生态保护与修复监管,监督协调重点海域生态环境综合治理工作。监督陆源污染物排海,负责防治海岸和海建设和管理工作。负责辐射环境监管工作,监督管理核技术应用、电磁电离辐射和伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作。指导、协调辐射监督性监测工作。组织开展辐射环境污染事故应急工作。